キハ１１－１～１０（キハ１１－５）
紀勢本線、名松線などの暖地向けのグループです。トイレが無いため、長距離運用にはトイレ付の３００番代と組んで運用されています。写真は最近の姿で、前面スカートが縦方向に延長されています。
キハ１１－１０１～１２３（キハ１１－１０９・キハ１１－１２３）
太多線や高山本線などの寒冷地向けのグループです。１０１～１２１番は新潟鐵工所製、１２２・１２３番はＪＲ東海名古屋工場の内製車となっています。０番代とは乗降扉廻りの保温対策、汽笛にシャッターを設けるといった違いがあります。
キハ１１－２０１～２０４（キハ１１－２０３）
ＪＲ東海のグループである東海交通事業 城北線（枇杷島～勝川間）の全線開通した平成５年に登場したグループです。塗装の違いやステップ廃止などの違いがあるものの、車体寸法や使用機器など仕様は１００番代とほぼ同じです。製作された４両のうち、２０３・２０４番はＪＲ東海へ貸し出され、他の車輛と同じ外観を有しています。
キハ１１－３０１～３０６（キハ１１－３０６）
平成１１年に登場した暖地向けの０番代を改良したグループです。車体はステンレス製で、車体幅を２７００㎜から２８００㎜へ拡大。接客設備では車椅子対応大型トイレの設置、客室窓の固定化、貫通路上部に前照灯の増設が行われ、行先表示器は助手側に移動しています。同時期に登場したキハ７５系との部品の共通化を図るため、エンジンはＣ－ＤＭＦ１４ＨＺＢ（３５０ＰＳ/２０００rpm），台車はキハ７５系に使用される台車からヨーダンパを省略したＣ－ＤＴ６４及びＣ－ＴＲ２５２形式ボルスタレス台車を履いています。主に長距離列車に使用されており、紀勢本線の普通列車に活躍しています。