キハ２５－１～５（キハ２５－１）
武豊方の先頭車です。車椅子スペース、車椅子対応大型トイレの設備があります。機器配置は車端部に排気管がある事から、エンジンや変速機などは車体後部に、ブレーキ関係は前部（運転台寄り）に配置されています。
キハ２５－１～５（ステップ取付け改造）（キハ２５－３）
武豊線電化により、現在は高山本線、太多線で活躍をしています。転属に伴い、乗降扉のステップ取付け改造が予定通り実施されており、外観が異なります。全車が転属しており、ステップの無い頃の姿は過去のものとなっています。
キハ２５－１０１～１０５（キハ２５－１０１）
大府・名古屋方に位置する先頭車です。トイレの設備がなく、車端部はロングシートで構成されています。
キハ２５－１０１～１０５（ステップ取付け改造）（キハ２５－１０３）
キハ２５－１～とユニットとなる１００番代も転属にあたって、同様の改造を行っています。
キハ２５－１００１～（キハ２５－１００５）
本形式の２次車となるグループで、大きな変更点があります。車体は２シート工法及びレーザー溶接を採用し、ステンレス地をマット（艶消し）仕上げとし、ビートレスとなりすっきりしています。前頭部もＬＥＤ表示器を助士側１つとし、スカートは寒冷地仕様に変更。キハ８５形式で先行使用していた鹿衝突対策の衝撃緩和装置をスカートに設置しました。客室窓の変更では５枚窓で構成していたものを、中央部３枚を大型窓２枚に変更し、４枚窓としました。
キハ２５－１１０１～（キハ２５－１１０５）
キハ２５－１００１～のトイレがない仕様のグループです。２次車では車内も大きく変更されており、全てロングシートに変更されています。また、１次車と同じくワンマン運転に対応していますが、デッキに備えられる整理券発行器は車体後部のみとなっています。