キハ75-201~(キハ75-207)
快速「みえ」の増発に伴い、平成11年に登場したグループです。外観では前面貫通扉上部に前照灯が増設されました。車内は313系と同じレイアウトに変更されました。駆動系、制御系は0番代(一次車)と同じです。
キハ75形式1300番代(キハ75-1304)
寒冷地線区での運用を考えて、300番代に耐寒・耐雪構造の改造を施したグループです。元番号に1000番を加えています。乗降扉には半自動ドア扱い時に使用する押しボタンなどが設置されました。写真のように増結用車輛として使われているほか、1200番代(200番代に同様の改造を施した番代)と組んで活躍しています。
キハ75形式3300番代(キハ75-3308)
キハ75形式300番代に、耐寒・耐雪構造及びワンマン運転対応の改造を施したグループです。元番号に3000番を加えています。3200番代と組んで活躍をしています。