クモハE128-1~(クモハE128-14)
新津・村上方に位置する4両編成用の偶数向き制御電動車です。車椅子対応大型トイレ、車椅子スペースの設備があります。電動空気圧縮機、補助電源装置などの補助機器を搭載しています。
クモハE128-101~(クモハE128-101)
2両編成用の偶数向き制御電動車です。0番代とはワンマン設備がある事と編成の違いのみで、この他は同じとなっています。
クモハE129-1~(クモハE129-1)
信越本線、白新線では新潟方、越後線では柏崎方に位置する4両編成用の奇数向き制御電動車です。パンタグラフ、制御装置などの主制御装置を搭載しています。
クモハE129-101~(クモハE129-107・128)
2両編成用の奇数向き制御電動車です。0番代とはワンマン設備がある事と編成の違いのみで、この他は同じとなっています。一部の車輛には霜取りパンタグラフが増設されています。
モハE128-1~(モハE128-1)
4両編成に組み込まれる中間電動車で、クモハE129-1~とユニットを組みます。車体はクモハE128形式から運転台、トイレを撤去した形で、床下機器は補助電源装置がなく、中間付随車のような外観となっています。なお、E129系のブレーキ方式は回生・発電ブレーキ併用電気指令式空気ブレーキとなっており、閑散線区での回生失効を考えて発電ブレーキが備わっており、各車の屋根上には空調装置のほか、抵抗器が搭載されています。
モハE129-1~(モハE129-14)
4両編成に組み込まれるパンタグラフ付中間電動車で、クモハE128-1~とユニットを組みます。この形式もクモハE129形式を中間車とした構造となっています。パンタグラフは上昇用引き紐を備えるPS33G形となっています。