０番代・３００番代
東海道本線で運用される「新快速」、「快速」などの停車駅の少ない列車の運用に使われる車輛のグループです。４両編成は０番代、２両編成は３００番代に区分されています。座席はオール転換式クロスシートで構成されています。
クモハ３１３－１～（クモハ３１３－２）
４両編成の熱海方のパンタグラフ付制御電動車です。補助電源装置付ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
クモハ３１３－３０１～（クモハ３１３－３１５）
２両編成の熱海方のパンタグラフ付制御電動車です。０番代と同一の仕様ですが、補助電源装置は２両編成であるため８０kvAと容量の小さいタイプとなっています。
クハ３１２－１～（クハ３１２－９）
４両編成の大垣方の制御車です。０番代の他、１０００番代の編成にも使用されています。容量が２０００リットルの電動空気圧縮機を搭載しています。車内には車椅子対応大型トイレが設置されています。
クハ３１２－３０１～（クハ３１２－３１５）
２両編成の大垣方の制御車です。０番代と同一の仕様ですが、電動空気圧縮機は容量が半分としています。
モハ３１３－１～（モハ３１３－１）
４両編成に連結されるパンタグラフ付中間電動車です。ＶＶＶＦインバータ制御装置が搭載されています。
サハ３１３－１～（サハ３１３－４）
４両編成に連結される中間付随車です。
１０００番代
中央本線（中央西線）や飯田線などで使用されるグループです。クロスシート仕様は０番代、３００番代と同じですが、車端部をロングシートとしています。
１３００番代は平成２２年に登場したグループで、１０００番代の２両編成となるものです。東海道本線で活躍する１１７系、関西本線で活躍する２１３系を置き換えるために登場しました。その後、関西本線で活躍する３０００番代の所属車輛基地の変更に伴い増備が行われています。
クモハ３１３－１００１～（クモハ３１３－１００１）
１０００番代４両編成に連結されるパンタグラフ付制御電動車です。補助電源装置付ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
クモハ３１３－１１０１～（クモハ３１３－１１０４）
１０００番代の増備車になるパンタグラフ付制御電動車です。１０００番代と同一の仕様ですが、標識灯のＬＥＤ化や行先表示器などはフルカラーＬＥＤを採用しています。
クハ３１２－４０１～（クハ３１２－４０６）
４両編成の１１００番代、３両編成の１６００番代、１７００番代各編成の制御車です。電動空気圧縮機、蓄電池を搭載しています。車内には車椅子対応大型トイレ、車椅子スペースが設置されています。
モハ３１３－１００１～（モハ３１３－１００１）
１０００番代４両編成に連結されるパンタグラフ付中間電動車です。モハ３１３－１～と同じくＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
モハ３１３－１１０１～（モハ３１３－１１０４）
モハ３１３－１００１～の増備車です。１０００番代とは異なり、補助電源装置付ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
サハ３１３－１００１～（サハ３１３－１００１）
１０００番代の４両編成に連結される中間付随車です。ブレーキ装置関係の機器が搭載されています。
サハ３１３－１１０１～（サハ３１３－１１０４）
１１００番代の中間付随車です。１０００番代と似ていますが、電動空気圧縮機、蓄電池を搭載しています。
クモハ３１３－１５０１～（クモハ３１３－１５０２）
３両編成を基本編成とするグループのパンタグラフ付制御電動車です。補助電源装置付ＶＶＶＦ制御装置を搭載しています。
クモハ３１３－１６０１～（クモハ３１３－１６０３）
クモハ３１３－１５０１～の増備車になるグループです。同一の仕様ですが、標識灯のＬＥＤ化、行先表示器等にフルカラーＬＥＤを採用しています。
クモハ３１３－１７０１～（クモハ３１３－１７０１）
飯田線向けに製作された３両編成のパンタグラフ付制御電動車です。クモハ３１３－１６０１～を基本とし、急勾配、寒冷地仕様車としたもので、パンタグラフの２基化、ブレーキチョッパ装置、空転対策としてセラミック噴射装置、半自動ドア機能が装備されています。
モハ３１３－１５０１～（モハ３１３－１５０２）
１５００番代の中間電動車です。ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載していますが、パンタグラフは搭載していません。ＭＴ比を１：１とするため、電動台車、付随台車それぞれを１つずつ履いています。
モハ３１３－１６０１～（モハ３１３－１６０３）
モハ３１３－１５０１～の増備車になります。ＶＶＶＦインバータ制御装置の他、電動空気圧縮機を搭載しています。
モハ３１３－１７０１～（モハ３１３－１７０１）
モハ３１３－１６０１～を急勾配、寒冷地仕様としたグループです。ブレーキチョッパ装置、セラミック噴射装置、半自動機能が搭載されています。
クモハ３１３－１３０１～（クモハ３１３－１３０４、クモハ３１３－１３１３）
１１７系、２１３系、３１３系３０００番代の置換えを目的に登場したグループです。１３０１～１３０４はワンマン運転準備工事仕様で、以降はワンマン運転対応仕様となっており、外観や車内の様子が異なります。本系列では初めてとなる液晶表示器、半自動ドアスイッチはキハ２５系と同一のものを使っています。平成２６年からの増備車は客室照明の蛍光灯をＬＥＤとしています。
クハ３１２－１３０１～（クハ３１２－１３０４・クハ３１２－１３１３）
クモハ３１３－１３０１～と対となる制御車のグループです。クハ３１２－１３０１～１３０４はワンマン運転対応準備工事仕様となっています。
２０００番代
東海道本線、身延線、御殿場線を受け持つ静岡地区向けに投入されたグループです。車内はオールロングシートとなっています。２両編成又は３両編成が基本編成です。
２１１系と併結して運転している姿も見る事が出来ます。
クモハ３１３－２３０１～（クモハ３１３－２３０１）
２両編成用のパンタグラフ付制御電動車です。降雪区間や勾配区間もあるため、補助排障器やセラミック噴射装置を装備しています。
クモハ３１３－２３５１～（クモハ３１３－２３５１）
２両編成用のパンタグラフ付制御電動車です。クモハ３１３－２３０１～と同じですが、２基のパンタグラフの装備とレール塗油器を装備しているため、番代区分されています。
クモハ３１３－２５０１～（クモハ３１３－２５０５）
東海道本線を中心に運用される３両編成のパンタグラフ付制御電動車です。補助電源装置付ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
クモハ３１３－２６０１～（クモハ３１３－２６０４）
クモハ３１３－２５０１～と同一の仕様ですが、勾配線区及び寒冷地向けの３両編成のパンタグラフ付制御電動車です。空転防止のため、セラミック噴射装置を装備しています。
クハ３１２－２３０１～（クハ３１２－２３１８）
本番代の共通の制御車になります。電動空気圧縮機、蓄電池を搭載しています。
モハ３１３－２５０１～（モハ３１３－２５０９）
２５００番代の中間電動車です。ＶＶＶＦ制御装置、電動空気圧縮機を搭載しています。
モハ３１３－２６０１～（モハ３１３－２６０４）
２６００番代の中間電動車です。モハ３１３－２５０１～と同一ですが、急勾配、寒冷地仕様になっています。
３０００番代
中央本線（中央西線）、御殿場線、関西本線などで活躍するグループです。車内はセミクロスシート仕様です。２両編成のみのグループで、列車密度が低い線区では回生ブレーキの失効を考えて、回生ブレーキと発電ブレーキを併用する仕組みになっています。
クモハ３１３－３００１～（クモハ３１３－３００８）
パンタグラフ付制御電動車です。２基のパンタグラフが特徴です。補助電源装置付ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。本番代はワンマン運転に対応した設備を備えています。
クモハ３１３－３１０１～（クモハ３１３－３１０２）
クモハ３１３－３００１～の増備車になります。急勾配線区、寒冷地仕様で、ブレーキ制御チョッパ装置、セラミック噴射装置が装備されています。
クハ３１２－３００１～（クハ３１２－３０２８）
本グループの制御車です。電動空気圧縮機を搭載しています。
クハ３１２－３１０１～（クハ３１２－３１０２）
クハ３１２－３００１～の増備車となる制御車です。標識灯類のＬＥＤ化、行先表示器などにはフルカラーＬＥＤが採用されています。
５０００番代
名古屋地区の快速列車を主体に運用するグループとして、０番代を基本に６両編成とし、オール転換式クロスシート仕様となりました。高速時の乗心地向上を目指して、在来線車輛では初めてとなる「車体間ダンパー」と「セミアクティブ制振制御装置」を搭載しました。
クモハ３１３－５００１～（クモハ３１３－５００５）
静岡方に位置するパンタグラフ付制御電動車です。補助電源装置付ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
クハ３１２－５００１～（クハ３１２－５００１）
大垣方に位置する制御車です。電動空気圧縮機、蓄電池を搭載しています。車椅子対応大型トイレ、車椅子スペースが設置されています。
モハ３１３－５００１～（モハ３１３－５００５）
パンタグラフ付中間電動車です。ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
モハ３１３－５３０１～（モハ３１３－５３０１）
パンタグラフ付中間電動車です。補助電源装置付ＶＶＶＦインバータ制御装置を搭載しています。
サハ３１３－５００１～（サハ３１３－５００５）
本グループの中間付随車です。電動空気圧縮機を搭載しています。
サハ３１３－５３０１～（サハ３１３－５３０５）
サハ３１３－５３０１～と同じ付随車ですが、電動空気圧縮機と蓄電池を搭載する車輛です。
５３００番代
新快速に運用される５０００番代の２両編成仕様で、平成２２年に登場しました。車内は全席転換クロスシートとなっています。異なっているのは車体間ダンパーが無い事です。
クモハ３１３－５３０１～（クモハ３１３－５３０１）
このグループのパンタグラフ付制御電動車です。車体間ダンパーが無いほかは５０００番代と同一となっています。
クハ３１２－５０１８～（クハ３１２－５０１８）
クモハ３１３－５３０１～と対になる制御車です。５０００番代からの続番となっています。
８５００番代
中央本線名古屋～中津川間を走る有料快速「セントラルライナー」号の専用車輛として登場したグループです。快速運転区間内では乗車整理券を発行し、定員制となるため専用車輛が必要となったため登場した経緯があります。
車内はオール転換式クロスシート仕様で、車端部にはセミコンパートメント風のボックスシートがあり、扉部には簡易パーテンション設置されるなど近郊形電車ではグレードの高いものとなっています。
クモハ３１３－８５０１～（クモハ３１３－８５０１）
中津川方に位置するパンタグラフ付制御電動車です。補助電源装置付ＶＶＶＦ制御インバータ装置を搭載しています。車体の色は銀色で、同社のコーポレートカラーであるオレンジ色が鮮やかに配色されています。
クハ３１２－８００１～（クハ３１２－８００５）
名古屋方に位置する制御車です。電動空気圧縮機、蓄電池を搭載しています。
モハ３１３－８５０１～（モハ３１３－８５０５）
本グループの中間電動車です。制御装置は１５００番代と同一で、電動台車と付随台車を履いています。