０番代（量産車）
平成７年に登場したグループです。先行試作車の結果をもとに改良が行われ、違いを見る事が出来ます。見分ける方法として、屋根上の冷房装置があります。量産車は四角い形状をしています。車番は先行試作車の続番となっています。
クハＥ３５０－３～（クハＥ３５０－５）
基本編成松本方に位置する制御車です。非貫通構造で、前面にあるＬＥＤ式愛称表示器が特徴です。電動空気圧縮機を搭載。客室のほか、トイレ、洗面所の設備があります。
クハＥ３５０－１０３～（クハＥ３５０－１０５）
附属編成松本方に位置する制御車です。前面は貫通型で、通行も出来ます。自動ホロ装置の押し出し機能、電気連結器、自動解結機能を装備しています。その他はクハＥ３５０－３～と同じです。
クハＥ３５１－３～（クハＥ３５１－３）
附属編成新宿方に位置する制御車です。非貫通構造の先頭車で、前面にはＬＥＤ式愛称表示器があります。列車名のほか、号数（１号など）、ロゴマークを表示します。客室のみで、床下には電動空気圧縮機を装備しています。
クハＥ３５１－１０３～（クハＥ３５１－１０５）
基本編成新宿方に位置する制御車です。貫通型の先頭車で、クハＥ３５０－１０３～押し出されたホロを固定する機能を持っています。
モハＥ３５０－５～（モハＥ３５０－５）
ＶＶＶＦユニット、ブレーキ抵抗器、ＳＩＶなどを搭載する中間電動車です。客室のほか、電話スペースが設置されています。
モハＥ３５０－１０３～（モハＥ３５０－１０３）
モハＥ３５０－５～と同じ装備を持つ中間電動車です。車内には車内販売準備室の設備があります。
モハＥ３５１－５～（モハＥ３５１－５）
ＶＶＶＦインバータ装置、ブレーキ抵抗器などを搭載するパンタグラフ付中間電動車です。ベビーベッド付トイレ、洗面所の設備があります。
モハＥ３５１－１０３～（モハＥ３５１－１０５）
モハＥ３５１－５～と同じ装備を持つパンタグラフ付中間電動車です。車椅子対応設備、多目的室の設備があります。
サハＥ３５１－３～（サハＥ３５１－５）
電動空気圧縮機を搭載する中間付随車です。トイレ、洗面所の設備があります。
サロＥ３５１－３～（サロＥ３５１－５）
グリーン車の中間付随車です。室内は分煙構造となっているのが特徴です。（現在は全面禁煙）また、座席にはシートヒーターが内蔵されており、入切が自由に出来ます。
１０００番代（先行試作車）
登場時は１番からの付与でした。その後、量産車が登場し差異のある部分を改造した（量産車化改造）ため、１０００番代に改番されました。外観では屋根上の空調装置が丸い形状であることです。また、制御車が同一形式である点も特徴の一つです。
クハＥ３５１－１００１～（クハＥ３５１－１００２）
基本編成松本方に位置する（１２号車）制御車です。客室のほか、トイレ、洗面所があります。量産車とは乗務員用乗降扉の窓が小さいのが特徴です。
クハＥ３５１－１１０１～（クハＥ３５１－１１０１）
附属編成新宿方に位置する（１号車）制御車です。１０００番代と同じく、ブレーキ抵抗器、電動空気圧縮機などを搭載しています。トイレ、洗面所の設備がない点が違いとなります。
クハＥ３５１－１２０１～（クハＥ３５１－１２０１）
附属編成松本方に位置する（４号車）制御車です。クハＥ３５０－１０３～と同じ機能を有しています。トイレ、洗面所の設備があります。
クハＥ３５１－１３０１～（クハＥ３５１－１３０１）
基本編成新宿方に位置する（５号車）制御車です。クハＥ３５１－１０３～と同じ機能を有しています。
モハＥ３５０－１００１～（モハＥ３５０－１００３）
ＶＶＶＦ装置、ブレーキ抵抗器、ＳＩＶを装備する中間電動車です。電話スペースの設備があります。基本編成１１号車、附属編成３号車に位置しています。
モハＥ３５０－１１０１～（モハＥ３５０－１１０１）
モハＥ３５０－１００１～と同じ装備を持つ中間電動車です。乗降扉付近に車内販売準備室があります。基本編成７号車に位置しています。
モハＥ３５１－１００１～（モハＥ３５１－１００２）
パンタグラフ、ＶＶＶＦインバータ装置などを搭載する中間電動車です。基本編成では６号車、附属編成では２号車に位置しています。
モハＥ３５１－１１０１～（モハＥ３５１－１１０２）
モハＥ３５１－１００１～と同じものを搭載しています。車内に違いがあり、車椅子対応の座席、多目的室が設けられています。基本編成の１０号車に位置しています。
サハＥ３５１－１００１～（サハＥ３５１－１００２）
電動空気圧縮機、ブレーキ抵抗器を搭載する中間付随車です。トイレ、洗面所の設備があります。基本編成の８号車に位置しています。
サロＥ３５１－１００１～（サロＥ３５１－１００２）
グリーン車となる中間付随車で、基本編成の９号車に位置しています。車椅子対応の座席があり、電話スペースがない点が量産車と異なります。