所有路線
伊賀線　伊賀上野～伊賀神戸駅　１６．６ｋｍ　全線単線、電化（直流１５００Ｖ）

三重県西部、忍者の里で知られる伊賀市（旧上野市）に路線を持つ私鉄です。所有する路線は大正５年、伊賀軌道が上野駅連絡所～上野町駅間を開業させたのが始まりです。翌大正６年に伊賀鉄道に社名変更。大正１１年に全線を開通させました。会社は大正１５年に伊賀電気鉄道に社名を変更し、昭和４年に近畿日本鉄道（近鉄）の前身となる大阪電気軌道に吸収合併、その後近鉄となりました。平成１９年に近鉄の子会社として独立する事となり、８１年ぶりに「伊賀鉄道」という社名が復活しました。
伊賀線のある三重県伊賀地方は、かつて伊賀国と呼ばれ忍術の流派である伊賀流が栄え、伊賀忍者と呼ばれ戦場等で活躍をしました。沿線には上野城や忍者博物館など忍者に関する観光地があります。平成９年にゆめぽりす伊賀の街開きを記念し、当時の近鉄が８６０系電車に漫画家松本零士氏デザインの忍者が描かれた忍者塗装（青色）に変更。忍者列車と命名しました。その後、桃色のくノ一編成が追加されました。平成１９年に近鉄から移管された後は、８６０系の老朽化に伴い、東京急行電鉄（東急）から購入した電車を忍者列車としています。

２００系

近鉄時代より活躍してきた８６０系の老朽化に伴い、置換えを目的として東急１０００系を改造した電車です。編成はモ２００形（制御電動車）＋ク１００形（制御車）の２両編成です。必要のない装備の撤去やパンタグラフの増設、車内のアコモ、保安装置の変更などが行われています。
種車により、外観が様々あるのが特徴です。種車が先頭車の車輛は貫通扉が正面に向かって左側にオフセットされたままとなっています。中間車からの改造車は中央に貫通扉を装備又は非貫通とし、飾りで貫通幌枠があり前部標識灯は丸いものとなっています。
５編成のうち、３編成が忍者列車（２０１編成青色、２０２編成桃色、２０５編成緑色）として活躍、２０４編成は「ふくにん列車（伊賀の四季号）」、２０３編成は広告ラッピング電車として活躍しています。