ＪＲ東日本新潟支社の管内で運用される普通列車の主力である１１５系。老朽化や陳腐化に対応するためリニューアル工事などを実施してきましたが、車齢が最も長いもので５０年を経過していました。また、平成２７年の北陸新幹線延伸開業に伴い、並行する在来線の第三セクター化により新潟県内にあたる信越本線妙高高原駅～直江津駅間がえちごトキめき鉄道になり、Ｅ１２７系０番代１２編成中（１編成は踏切事故で廃車。）、１０編成が譲渡され、車輛が不足する事になり、これらに対応するために平成２６年にＥ１２９系が登場しました。
　Ｅ２３３系を基本に仙台支社内で活躍するＥ７２１系をベースに短編成設備、耐寒・耐雪構造などを採り入れ、新潟地区の事情に合わせた車輛で、２両編成と４両編成を基本編成とし、２両、４両、６両編成と需要に応じた編成を組む事が出来ます。
　車体は台枠の一部を除いてステンレスで構成された「オールステンレス車体」で、全車輛が総合車両製作所新津事業所で製造されており、同社のオールステンレス車輛ブランド「ｓｕｓｔｉｎａ（サスティナ）」に属します。
　車体幅は混雑緩和、クロスシート部での車椅子の通過を考えて２９５０ｍｍの拡幅車体を採用。裾絞りのある車体断面となっています。乗降扉は片側３扉あり、半自動機能時に使用する押しボタンは周囲が点灯するタイプとなっています。行先表示器はフルカラーＬＥＤが採用され、路線ごとに色分けをする事で誤乗防止対策も実施。
　前面は踏切事故対策により強化されている他、側面衝突も考え、Ｅ２３３系と同じく、各構体の柱の位置を合わせています。強風対策も施されており、各車輌（モハＥ１２８形式起動モニタリング装置搭載車は除く。）に死重を搭載し、低重心化を図っています。帯色は秋の稲穂をイメージした黄金色に朱鷺をイメージした朱鷺ピンクの２色で、前面及び腰部に朱鷺ピンクの太帯に黄金色の細帯、幕板部に朱鷺ピンクの帯を配しています。
　車内は、自然豊かな環境と都会的な上品さをコンセプトとし、アイボリー、クリーム色を基調に座席は暖色系のピンクブラウンとしています。ロングシートの要望も多い事から、車内の半分をロングシートとし、半分をボックスシートとしたセミクロスシートとなっています。サービス面では自動放送装置の他、ＬＥＤ式車内案内表示器を乗降扉の上部に千鳥状に配置しています。トイレは車いす対応の大型洋式トイレとなっています。
　新潟支社の管轄エリアで活躍しており、一部ではワンマン運転も実施されています。