Ｅ９９３系試作車の試験結果をもとに通勤、近郊形電車に求められる要素を盛り込んで製作された一般形電車です。京葉線で活躍していた２０１系を置き換える目的で、平成１８年に量産先行車１編成が製造されました。国鉄～ＪＲの所属車輛では初めて営業運転を行った連接車となります。
　編成は１４両固定編成ですが、７両編成の連接編成を背中合わせに２組つなげたものとなっています。１両は各車体の前位側に配置される台車の組み合わせとし、編成の最後部の車輛は後位側にある台車も含めて１両としています。
　台車中心間隔で連接中間車は１３４００ｍｍ、片側がボギー台車となる車輛を１６５００ｍｍとし、７両編成で１００ｍ、２０ｍ級車輛では５両分に相当します。車体が短いため、各車片側３扉構造としています。また、床面高さはホームとの段差を小さくするため１１３０ｍｍとなっています。
　車体は軽量ステンレス製で、車体高さは３６２０ｍｍ、パンタグラフ折り畳み高さは同社の直流電化区間ならどこでも走行が可能な３９８０ｍｍとしています。車体が短いため、オーバーハングが無いので車体幅は従来車よりも更に広い２９８９ｍｍとしています。連接車は各部の軽量化、荷重の均等化が必要であり、電動台車と不随台車を交互に配するとともに、主要機器を分散させて搭載し、均等化を図っています。
　制御方式はＩＧＢＴ素子を用いた２レベルＰＷＭインバーター制御方式で、１Ｃ１Ｍ方式としています。主電動機はＭＴ７７形式永久磁石式同期電動機を使用。惰行中は発電機として作用するため、故障が発生した時に主電動機をＶＶＶＦインバーター制御装置から切り離すための機能があります。
　また制御装置は、Ｅ９９３系で開発された「ＡＩＭＳ：Advanced train Information Management System」が採用されています。このＡＩＭＳはＥ２３１系で開発されたＴＩＭＳの発展した車輛制御装置です。
　車内はロングシートが基本で、先頭車のみクロスシートにも変えられる可変座席となっています。サービス機器としてＥ２３１系５００番代で採用されたＶＩＳ装置の機能向上を図った情報サービス提供装置「ＡＴＩＳＳ：Advanced Train Infomation Service」が搭載されており、乗降扉上部にある１５インチ液晶ディスプレイ２台に表示されます。
　平成１９年より試験を兼ねて営業運転が始まりましたが、営業運転日数は少なく、故障なのか改良なのか製造メーカーに送られる事もあり、いつも車庫で休んでいる姿が見られました。増備される事もなく、本系列が目的としていた２０１系や２０５系の置換えに、Ｅ２３３系が平成２２年に投入されてしまいます。本系列は置換えの対象とはなっていませんでしたが、翌平成２３年以降は営業運転には使われなくなりました。平成２６年に全車輛が廃車。系列消滅しました。ＪＲになって登場した車輛（試作車や試験車を除く。）では異例ともいえる、登場から８年、実運用は約４年ほどの短命に終わりました。