０番代・３００番代（１次車・オールクロスシート車）
平成１１年に登場した、東海道本線で運用される「新快速」などに使用されるオールクロスシートのグループです。４両編成は０番代、２両編成は３００番代となっています。転換式クロスシートを使用していますが、車端部及び乗降扉付近は固定式となっています。
クモハ３１３－１～（クモハ３１３－２）
４両編成熱海方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ１）です。補助電源装置（１５０ＫｖＡ）付のＶＶＶＦインバーター制御装置を搭載しています。
クモハ３１３－３０１～（クモハ３１３－３１５）
２両編成熱海方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ２）です。補助電源装置（８０ＫｖＡ）付のＶＶＶＦインバーター制御装置を搭載しています。
クハ３１２－１～（クハ３１２－９）
４両編成米原方に位置する制御車（Ｔｃ’１）です。車端部にトイレが設置されています。床下には電動空気圧縮機（２０００リットル）を搭載しています。０番代の他、１０００番代、１５００番代の編成にも連結されています。
クハ３１２－３０１～（クハ３１２－３０５）
２両編成米原方に位置する制御車（Ｔｃ’２）です。車端部にトイレが設置されています。床下には電動空気圧縮機（１０００リットル）を搭載しています。
モハ３１３－１～（モハ３１３－１）
０番代４両編成に連結されるパンタグラフ付き中間電動車（Ｍ１）です。ＶＶＶＦインバーター制御装置のみを搭載しています。
サハ３１３－１～（サハ３１３－４）
０番代４両編成に連結される中間不随車（Ｔ１）です。車端部の客室窓の上部は内折れ窓になっており、非常時の換気用として使用されます。
1000番代・1500番代（１次車・クロス＆ロングシート車）
中央本線名古屋口向けのグループです。４両編成を１０００番代、３両編成を１５００番代としています。０番代、３００番代と同じく転換式クロスシートを使用（乗降扉付近は固定）していますが、車端部をロングシートとしています。なお、トイレのある制御車（Ｔｃ’１）にはロングシートが無いため、０番代のクハ３１２－１～が使用されています。
クモハ３１３－１００１～（クモハ３１３－１００１）
４両編成（１０００番代）の塩尻方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ１）です。車端部はロングシートとなっています。床下には補助電源装置（１５０ＫｖＡ）付きのＶＶＶＦインバーター制御装置が搭載されています。
クモハ３１３－１５０１～（クモハ３１３－１５０２）
３両編成（１５００番代）の塩尻方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ１）です。床下には補助電源装置（１５０ＫｖＡ）付きのＶＶＶＦインバーター制御装置が搭載されています。
モハ３１３－１００１～（モハ３１３－１００１）
１０００番代４両編成に連結されるパンタグラフ付き中間電動車（Ｍ１）です。床下にはＶＶＶＦインバーター制御装置のみが搭載されています。
モハ３１３－１５０１～（モハ３１３－１５０２）
１５００番代３両編成の中間電動車（Ｍ２）です。パンタグラフはなく、１０００番代と同じ制御装置が搭載されています。３両編成のＭＴ比を１：１とするために片方の台車は不随台車となっています。
サハ３１３－１００１～（サハ３１３－１００１）
１０００番代４両編成に連結される中間不随車（Ｔ１）です。
３０００番代（１次車・セミクロスシート車）
中央本線（西線）、身延線、御殿場線など向けのセミクロスシート仕様のグループです。列車密度が少ない線区では回生ブレーキが失効する（一つのセクション内で力行する列車がない）事が考えられる事から、回生ブレーキと発電ブレーキを併用するシステムを採用しています。回生ブレーキが失効した際に空気ブレーキと発電ブレーキでブレーキ力を補うブレンディング制御方式が採用されており、回生効率向上と、失効時の衝動を抑制しています。
閑散線区での運用である事から、多くの車輛がワンマン運転対応の機器が搭載されています。
クモハ３１３－３００１～（クモハ３１３－３０２３）
２両編成の奇数向きパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ３）です。パンタグラフは２基搭載されているのが特徴の一つです。補助電源装置（８０ＫｖＡ）付きＶＶＶＦインバーター制御装置を搭載しています。
クハ３１２－３００１～（クハ３１２－３０２８）
２両編成の偶数向き制御車（Ｔｃ’２）です。車内は乗降扉付近がロングシート、乗降扉間は固定式クロスシートが配されています。車端部にトイレが設置されています。床下には電動空気圧縮機（１０００リットル）を搭載しています。
８０００番代（１次車・２次車 セントラルライナー）
平成１１年に登場した番代で、名古屋～中津川駅間で運転を開始した優良定員制快速列車「セントラルライナー」用の車輛です。基本編成は３両編成となっており、車内はオール転換式クロスシート、車端部はセミコンパートメント風のテーブル付きボックスシートが配され、シートピッチの拡大など各部がグレードアップされています。塗装もシルバーメタリックにコーポレートカラーのオレンジ色をグラデーションストライプでまとうという独特のものとなっています。
平成２５年に運行が終了し、現在はホームライナー号などに活躍をしています。
クモハ３１３－８５０１～（クモハ３１３－８５０１）
中津川方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ１）です。セントラルライナー運用時は中央の乗降扉は締切り扱いとなります。
クハ３１２－８００１～（クハ３１２－８００５）
名古屋方に位置する制御車（Ｔｃ’１）です。車端部にトイレが設置されています。乗降扉付近には簡易のパーティションが設けられています。
モハ３１３－８５０１～（モハ３１３－８５０５）
本番代の中間電動車（Ｍ２）です。システムは１５００番代と同じとなっています。
1100・1600番代（３～５次車・クロス＆ロングシート車）
平成１８年に増備されたグループ。３次車でマイナーチェンジが行われました。この後紹介する各番代に共通して、多数の変更が行われています。
３次車では、行先表示器が前面、側面ともに幕式からフルカラーＬＥＤに変更。前部標識灯も白熱灯から、運転台窓下のものはＨＩＤ灯（高輝度放電灯）、貫通扉上部にあるものは超高輝度白色ＬＥＤに変更しました。車内では車輛間の貫通扉を傾斜式戸閉装置に変更し、ドアが自ら閉まるようにしました。冷房装置はオゾン層破壊係数０の新冷媒を使用したＣ－ＡＵ７１５形式に変更。トイレでは車椅子での利用し易さを考え、拡大及び自動扉に変更。これに伴い、対面の座席を廃止しています。
機器類では、３両編成以上の初期車ではクハ３１２形式に２０００リットル／minの電動空気圧縮機を搭載していましたが、冗長性確保を目的にクハ３１２形式、サハ３１３形式及び３両編成に連結されるモハ３１３形式に１０００リットル／minの電動空気圧縮機を分散搭載する事になりました。ブレーキでは純電気ブレーキを採用し、ほぼ回生ブレーキのみで停止させるようにしました。（発電ブレーキを併用する場合は従来通り。）
４次車では基本的には３次車とほぼ同じですが、貫通扉の機構を再び水平式に戻したほか、避難用はしごを収納、設置、自動放送において、非常ブレーキが扱われた際に「急停車します。ご注意ください。」の追加などが行われました。
５次車は最終増備車のグループです。大きな変更点は客室照明を蛍光灯からＬＥＤ蛍光灯に変更し、消費電力を抑える、省エネの変更を行いました。
この１１００番代、１６００番代は１０００番代、１５００番代の後継にあたり、１１００番代は４両編成、１６００番代は３両編成となっています。
クモハ３１３－１１０１～（クモハ３１３－１１０４）
熱海・塩尻方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ１）です。マイナーチェンジが行われていますが、車内や床下機器の構成は１０００番代と同じとなっています。
クモハ３１３－１６０１～（クモハ３１３－１６０２）
熱海・塩尻方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ１）です。３両編成用である点以外はクモハ３１３－１１０１～と同じとなっています。
クハ３１２－４０１～（クハ３１２－４０６）
名古屋・米原方に位置する制御車（Ｔｃ’２）です。１１００番代、１６００番代、１７００番代共通の制御車となっています。車内はクハ３１２－１～と同じですが、電動空気圧縮機の容量が変更され、クハ３１２－３０１～に近い仕様となったため、新しい番代となりました。
モハ３１３－１１０１～（モハ３１３－１１０４）
４両編成（１１００番代）のパンタグラフ付き中間電動車（Ｍ１）です。モハ３１３－１００１～のマイナーチェンジ車になります。
モハ３１３－１６０１～（モハ３１３－１６０３）
３両編成（１６００番代）の中間電動車（Ｍ４）です。モハ３１３－１５０１～のマイナーチェンジ車で、車内や機器構成は同じですが、電動空気圧縮機（１０００リットル／min）が搭載されています。
サハ３１３－１１０１～（サハ３１３－１１０４）
４両編成（１１００番代）の中間不随車（Ｔ２）です。サハ３１３－１００１～のマイナーチェンジ車で、電動空気圧縮機を搭載しています。
１７００番代（３次車・飯田線仕様車）
飯田線から長野駅までを結ぶ快速「みすず」号の置換え用として平成１９年に登場したグループです。１６００番代（１０００番代系）とは仕様が異なるため、新番代としています。寒冷地での運用である事から、半自動機能、霜取り用パンタグラフの装備などが行われたほか、列車密度が低い線区である事から発電ブレーキの装備、急勾配の空転、滑走対応として、セラミック噴射装置が装備されています。その他は１６００番代とほぼ同じとなっています。制御車はクハ３１２－４０１～を使用していますが、仕様が異なっています。
クモハ３１３－１７０１～（クモハ３１３－１７０１）
豊橋方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ３）で、３両製作されました。集電用の他に、霜取り用パンタグラフが搭載されているほか、補助電源装置（１５０ＫｖＡ）付きＶＶＶＦインバーター制御装置、発電ブレーキ装置（ブレーキチョッパ装置、抵抗器）が搭載されています。
モハ３１３－１７０１～（モハ３１３－１７０１）
１７００番代の中間電動車（Ｍ６）です。片方の台車は不随台車で、ＶＶＶＦインバーター制御装置（補助電源装置はなし。）、容量が１０００リットルの電動空気圧縮機、発電ブレーキ装置が搭載されています。
２０００番代（３次車・静岡地区向け車輛）
平成１８年に登場したグループで、東海道本線、身延線、御殿場線など静岡地区で運用する車輛です。ロングシート仕様の２１１系５０００番代、６０００番代と同じく、この番代もロングシート仕様となっています。基本編成は２両編成の２３００番代、３両編成の２５００番代、２６００番代の３種類があります。
寒冷地も走行する事から半自動機能（押しボタン式）を装備している他、他のロングシート車では見られない、スタンションポールが設けられています。
クモハ３１３－２３０１～（クモハ３１３－２３０１）
２両編成用のパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ４）です。補助電源装置（１５０ＫｖＡ）付きＶＶＶＦインバーター制御装置、発電ブレーキ装置、セラミック噴射装置が搭載されています。
クモハ３１３－２３５１・２３５２（クモハ３１３－２３５１）
２両編成用のパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ４）です。クモハ３１３－２３０１～と同じ仕様ですが、冬季に使用する霜取り用パンタグラフが装備されているほか、レール塗油器も装備されているため、番代区分が行われています。
クモハ３１３－２５０１～（クモハ３１３－２５０５）
３両編成用のパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ１）です。主に東海道本線で使用する車輛で、補助電源装置（１５０ＫｖＡ）付きＶＶＶＦインバーター制御装置を搭載しています。
クモハ３１３－２６０１～（クモハ３１３－２６０４）
３両編成用のパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ４）です。主に寒冷地、急勾配線区に使用するため、クモハ３１３－２５０１～の装備の他に発電ブレーキ装置、セラミック噴射装置を搭載しています。
クハ３１２－２３０１～（クハ３１２－２３１８）
２０００番代２両編成及び３両編成共通の制御車（Ｔｃ’２）です。車内はロングシートの座席ほか、トイレが設置されています。電動空気圧縮機（１０００リットル）、蓄電池を搭載しています。
モハ３１３－２５０１～（モハ３１３－２５０９）
暖地向け２５００番代の中間電動車（Ｍ２）です。片方の台車は不随台車で、ＶＶＶＦインバーター制御装置、電動空気圧縮機を搭載しています。
モハ３１３－２６０１～（モハ３１３－２６０２）
３両編成２６００番代の中間電動車（Ｍ４）です。この車輛も片方の台車は不随台車となっています。ＶＶＶＦインバーター制御装置、電動空気圧縮機、発電ブレーキ装置を搭載しています。
３１００番代（３次車・セミクロスシート車）
３０００番代のマイナーチェンジ車に当たるグループです。機器構成、室内構成は同じで、当初より霜取り用パンタグラフが搭載（２基搭載）である点が異なっています。
クモハ３１３－３１０１・３１０２（クモハ３１３－３１０２）
クモハ３１３－３００１～のマイナーチェンジ車（Ｍｃ３）です。ＬＥＤに変更された行先表示器など３次車以降の変更以外はほぼ同じとなっています。
クハ３１２－３１０１・３１０２（クハ３１２－３１０２）
クモハ３１３－３１０１～の相方となる制御車（Ｔｃ’２）です。床下には電動空気圧縮機、蓄電池を搭載しています。
５０００番代（３・４次車・オール転換クロスシート車）
東海道本線の快速列車を主体に運用する６両編成のグループです。０番代のマイナーチェンジ車に当たり、車内はオール転換クロスシートで、車端部や乗降扉付近の座席も転換できるようになりました。デッキ部には仕切りが設置されています。この番代の最大の特徴は高速域での乗心地向上を図るため、在来線車輛では初の試みとなる車体間ダンパーとセミアクティブ制振制御装置を装備しました。これは、同社の７００系新幹線電車で実用化されたものです。
その後、４次車で５０００番代が増備されたほか、増結用として２両編成の５３００番代が登場しました。この５３００番代では車体間ダンパーやセミアクティブ制振制御装置は付いていません。
クモハ３１３－５００１～（クモハ３１３－５００５）
６両編成の熱海方に位置するパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ４）です。オール転換式クロスシート車であるため、乗降時間のかかる快速列車や新快速列車を主な任務としています。補助電源装置（１５０ＫｖＡ）付きＶＶＶＦインバーター制御装置、回生失効を考え、発電ブレーキ装置を搭載しています。
クモハ３１３－５３０１～（クモハ３１３－５３０１）
平成２２年に加わった２両編成のパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ４）です。クモハ３１３－５００１～とほぼ同じですが、車体間ダンパー、セミアクティブ制振制御装置は装備されていません。
クハ３１２－５００１～（クハ３１２－５００１）
５０００番代、６両編成及び２両編成の共通の制御車（Ｔｃ’２）です。車内は座席の他、トイレが設置されています。電動空気圧縮機、蓄電池を搭載しています。なお、２両編成用の車輛には車体間ダンパー、セミアクティブ制振制御装置は装備されていません。
モハ３１３－５００１～（モハ３１３－５００５）
６両編成のパンタグラフ付き中間電動車（Ｍ３）です。ＶＶＶＦインバーター制御装置、発電ブレーキ装置を搭載しています。
モハ３１３－５３０１～（モハ３１３－５３０６）
６両編成のパンタグラフ付き中間電動車（Ｍ５）です。補助電源装置（８０ＫｖＡ）付きＶＶＶＦインバーター制御装置、発電ブレーキ装置を搭載しています。
サハ３１３－５００１～（サハ３１３－５００５）
６両編成に連結される中間不随車（Ｔ２）です。電動空気圧縮機を搭載しています。
サハ３１３－５３０１～（サハ３１３－５３０５）
６両編成に連結される中間不随車（Ｔ３）です。サハ３１３－５００１～と同じ電動空気圧縮機を搭載するほか、蓄電池を搭載しています。
１３００番代（４・５次車 クロス＆ロングシート車）
１０００番代では初めての２両編成仕様で平成２２年に登場しました。ワンマン運転対応準備工事車と対応した２つの種類があるほか、半自動機能時の押しボタンをキハ２５系と共通のものとしたなど細やかな違いがあります。
クモハ３１３－１３０１～（クモハ３１３－１３１３）
１０００番代では初となる２両編成用のパンタグラフ付き制御電動車（Ｍｃ４）です。パンタグラフは２基搭載されており、外観の特徴の一つともなっています。補助電源装置（８０ＫｖＡ）付きＶＶＶＦインバーター制御装置、発電ブレーキ装置を搭載しています。
クハ３１２－１３０１～（クハ３１２－１３０４）
本番代の制御車（Ｔｃ’２）です。１０００番代ではクハ３１２形式４００番代が連結されますが、当番代より同じ番代に変更しています。床下には電動空気圧縮機が搭載されています。写真の車輛はワンマン運転対応準備工事車です。
